Le film se donne à voir comme un album de famille, sous un ton d’abord anecdotique et comique, la famille Jeannot explique les heurts et malheurs du premier débordement de l’Ander. Mais très vite, le ton devient plus dramatique et le réalisateur, arpente l’Ander pour en faire un état des lieux. Envisagé comme un portrait, le film d’Alexis Jeannot n’en est pas moins engagé et critique, s’attardant sur les dégâts de la pollution et leurs implications sur la vie des riverains, des pêcheurs. Le film est construit comme un pamphlet aigre-doux qui a le mérite de soulever une problématique complètement abandonnée des pouvoirs publics. Car s’il en va de la biodiversité et d’écologie, le film propose aussi, en filigrane, un regard familier sur le fleuve, témoin des souvenirs partagés, des joies.
Le réalisateur fait le parti pris de montrer en gros plan les particules qui polluent l’eau, dans un verre à vin, comme un défi au spectateur. Nos rivières fantômes parvient à portraitiser un cours d’eau sous toutes ses coutures et engage le débat sur le devenir plus global de nos sources.